TheOralHost-MicrobialInteractome:AnEcologicalChronometerofHealth?
口腔宿主-微生物相互作用组：健康的生态计时器？
发表期刊：TrendsinMicrobiology（IF:13.）
发表日期：.12.2
作者单位：J.CraigVenterInstitute，UniversityofCaliforniaatSanDiego
DOI:10./j.tim..11..
1引言口腔对人类的健康非常重要。它不仅提供进入消化系统和呼吸系统的通道，而且还提供免疫力和抵御入侵病原体的保护性屏障。到目前为止，已经被鉴定出大约种口腔细菌，在一个典型个体的口腔中可以分类出个种水平的菌群。这些菌群统称为人类口腔微生物群，它们主要定植在五个不同的生态位：唾液、舌头、口腔粘膜、矿化的牙齿表面和牙周组织，每个生态位都有不同的微生物群落。一些口腔细菌群落成员被认为是病原体，可以导致包括龋齿(蛀牙)、牙周病(牙龈炎)在内的疾病，并与口腔癌有关联。口腔细菌还与系统性疾病有关，如2型糖尿病、心血管疾病、癌症、早产和阿尔茨海默病。然而，目前尚未找到支持口腔微生物群在系统性疾病中发挥直接作用的分子机制。2口腔微生物组全景早期大多数口腔微生物的研究集中在解决科赫的假设和在纯培养中生产需氧菌株。20世纪上半叶常见的以培养为基础的方法使人们能够将重点放在与口腔疾病相关的关键病原体上。到年，Clarke和他的同事已经描述了引起龋齿的病原体--变形链球菌(Streptococcusmutans)。后来，在20世纪60年代，厌氧培养方法的引入扩大了从人体培养的已知微生物物种的数量，特别是肠道和口腔。20世纪70年代出现的DNA技术可以开展重组和遗传应用来阐明多个口腔细菌的细胞机制。到20世纪80年代和90年代，DNA图谱已广泛应用于描述许多口腔病原体和共生菌的16SrDNA基因(16S)序列。年，牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonasgingivalis)是首个被Sanger测序技术完成其基因组测序的口腔微生物。自本世纪头十年末开始，鸟枪测序（Shotgunsequencing）也首次应用于测定口腔菌群的宏基因组。就在年，Bik和他的同事使用Sanger测序测定了10名健康人的口腔微生物群，发现了个种水平的细菌和9个细菌门。随着和Illumina测序的出现，口腔宏基因组研究变得更加普遍，并被纳入人类微生物组（HMP）项目中。宏基因组研究对揭示口腔菌群的完整基因图谱是必不可少的。此外，还可以用其他实验来描述口腔微生物组，包括用来评估基因表达的宏转录组学、用来评估菌群成员产生的小分子的代谢组学、以及用蛋白质组学和其他“组学”技术来更深入地了解口腔微生物群的作用机制。如今，人类口腔微生物组数据库(eHOMD；